# ========= [INFO] ==========
# Mut inCB: not accepter mutation in BC
# Mut inMS: 2
# InputBAM: 8-N3-12cycles-IDT.AT15.merged.withUMI.group.identity.bam
# seq_deb : AGTCGTG
# seq_fin : CGTGG
# MS_seq : AT
# excl : C,G
# nom  : AT15
# typeF: IDT
# log file: 8-N3-12cycles-IDT.AT15.merged.withUMI.group.identity.AT15.seq.log
# =============================
#
#-------------- Filt ------------------
# condiGrep: AGTC.TGAT.+ATATAT.+AT.GTGG|AGTC.TGAT.+ATATAT.+ATC.TGG|AGTC.TGAT.+ATATAT.+ATCG.GG|AGTC.TGAT.+ATATAT.+ATCGT.G|AGTC.TGAT.+ATATAT.+ATCGTG.|AGTCG.GAT.+ATATAT.+AT.GTGG|AGTCG.GAT.+ATATAT.+ATC.TGG|AGTCG.GAT.+ATATAT.+ATCG.GG|AGTCG.GAT.+ATATAT.+ATCGT.G|AGTCG.GAT.+ATATAT.+ATCGTG.|AGTCGT.AT.+ATATAT.+AT.GTGG|AGTCGT.AT.+ATATAT.+ATC.TGG|AGTCGT.AT.+ATATAT.+ATCG.GG|AGTCGT.AT.+ATATAT.+ATCGT.G|AGTCGT.AT.+ATATAT.+ATCGTG.
# condiSet1: s/\t.*AGTC.TGAT/\tAT/;s/\t.*AGTCG.GAT/\tAT/;s/\t.*AGTCGT.AT/\tAT/
# condiSet2: s/AT.GTGG.*$/AT/;s/ATC.TGG.*$/AT/;s/ATCG.GG.*$/AT/;s/ATCGT.G.*$/AT/;s/ATCGTG..*$/AT/
#--------------------------------------
